Slovenska katoliška univerza v Sloveniji nastaja postopoma. Katoliški inštitut ustanavlja fakultete kot samostojne visokošolske zavode. Ko bodo ustanovljene in akreditirane tri fakultete, ki bodo delovale in izvajale študijske programe vseh stopenj na treh različnih študijskih področjih, se bodo pod okriljem Katoliškega inštituta povezale v katoliško univerzo.

Značilnosti katoliške univerze določa apostolska konstitucija Ex Corde Ecclesiae, ki pravi, da katoliška univerza obstaja, da bi ob izobraževanju uveljavila tudi krščanski pogled na človeka in skrb za celostni razvoj osebe in občečloveških, družbenih, duhovnih in krščanskih vrednot. S tem želi prispevati k celostnemu razvoju posameznikov in družbe. Študentom in zaposlenim je zagotovljena pastoralna skrb v obliki (personalne) župnije ali univerzitetnega pastoralnega središča z duhovniki.

Katoliška univerza je avtonomna pri razvoju svoje specifične narave in pri opravljanju svojega poslanstva. Pri tem mora spoštovati pravice posameznikov in skupnosti in ostati znotraj meja katoliškega. V okviru raziskovanja in poučevanja ima svobodo, ki jo uveljavlja v skladu z načeli in metodami znanosti; pri tem se mora ozirati na resnico in na skupno dobro. Gojiti mora sodelovanje z drugimi (katoliškimi in nekatoliškimi) univerzami na regionalni, na nacionalni in na mednarodni ravni, da bi bolje odgovarjala na težave sodobne družbe in krepila svojo katoliško naravo. Sodelovanje zajema raziskovalne, pedagoške in druge dejavnosti in projekte.